事務局は、関係機関からもアクセスしやすい東京都新宿区にあります。研究所全体の管理、研究の企画を行っています。また、生物付着防止技術の導入・運用支援といった 個別地域の諸課題に対応した業務などを行っています。

　中央研究所は、前面海域から清浄な海水が得られる千葉県外房沿岸の御宿にあります。飼育実験施設を利用した基盤的な調査研究やフィールドにおける野外調査研究、放射能調査等を行っています。また、温排水や環境・生物に関する国内外の調査研究成果を集めたデータライブラリーがあり、外部への情報提供を行っています。

　実証試験場は、新潟県の東京電力(株)柏崎刈羽原子力発電所の隣接地にあります。発電所から放出される実際の温排水と自然海水を利用した飼育試験施設があり、これらを用いて地球温暖化、海洋酸性化等、応用的な調査研究を行っています。また、温排水資料展示館を併設しており、温排水についての情報や当所の研究成果等を展示しています。

	温排水資料展示館では、子供を含めた一般向けに海や温排水等について楽しく学べるような情報も展示しています。 開館時間：   午前９時３０分〜午後４時 休館日：   土曜、日曜、祝祭日および年末年始 （１２月２９日〜１月３日）